Siendo un río de menor longitud y anchura, Caño Cristales no alcanza los 100 km de longitud ni sobrepasa los 20 m de ancho.
Es una sucesión de rápidos, cascadas, correones y pocetas cuyas aguas se desprenden de la meseta sur de la serranía de la Macarena, donde se ubica su nacimiento, a espaldas de los más antiguos esputes de la Sierra en una zona escarpada en la que se encuentran numerosas pinturas rupestres aún inexploradas.
Esas aguas, de tal pureza que permiten ver el fondo y toda la magia que encierra este hermoso río, corren hacia el río Guayabero recogiendo a su paso innumerables brazuelos de las sabanas rocosas de la Sierra.